21世紀

2001年時点での、キリスト教人口の大まかな内訳はカトリック教会44万人、プロテスタント諸教派総計50万人、日本ハリストス正教会1万人などである。

2008年11月24日、日本のカトリック教会は、長崎市の長崎県営野球場において「ペトロ岐部と187殉教者列福式」を挙行した。これは日本カトリック史上初めて日本で行われた列福式であった。

2009年には日本プロテスタント宣教150周年を記念して、エキュメニカル派、福音派、聖霊派の三派の共同になる日本プロテスタント宣教150周年記念大会が開催された。

2010年5月エディンバラ宣教会議100周年を記念して世界宣教東京大会が開催。初日に大川従道牧師らが説教した。また閉会式で尾山令仁牧師が日本の犯した罪を謝罪し、これにこたえてアメリカ側の代表が日本に原爆を投下した罪と世界に対して犯した罪を謝罪した。

2013年4月11日付のカトリック新聞オンラインに「旧日本軍に殺された司教、列福へ一歩前進」という記事が掲載された。内容は、日中戦争中に起きた正定事件によって殺害された司教ら9人の列福運動がオランダで進んでいるというものだったが、この虐殺事件の真偽が問題視され、西村眞悟がブログ上で抗議するなど波紋を呼んだ。


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